Dentro del Concurso de Intérpretes en el Festival Mono Núñez, no existen limitaciones en el uso de instrumentos musicales, lo cual permite a los participantes explorar y expresarse con libertad. Si bien es cierto que los instrumentos que pertenecen a la organología tradicional de la Región Andina son los más utilizados, esto se debe al carácter mismo del evento y al profundo arraigo que estos instrumentos tienen en la música andina colombiana. Entre los instrumentos más comunes se encuentran la bandola, el capador, la carraca, el cuatro, el charango, el chucho, la flauta de caña, el guache, el palo de agua, la puerca, la quena, el quiribillo, la tambora, el tiple, el tiple-requinto, la zampoña, la guitarra, entre otros.

La presencia de estos instrumentos tradicionales en el Concurso de Intérpretes en el Festival Mono Núñez realza la autenticidad y la esencia de la música andina colombiana, permitiendo que los participantes muestren su destreza y habilidad interpretativa en un ambiente que valora y celebra la diversidad cultural. Además, el uso de instrumentos tradicionales contribuye a preservar las raíces y la identidad de la música andina, generando un diálogo entre el pasado y el presente a través de melodías que han perdurado a lo largo del tiempo.